Tom is een succesvolle zakenman in New York. Als hij een erfenis krijgt van zijn vader, staat zijn leven ineens op zijn kop. Hij erft namelijk geen geld... maar zes pinguïns!
Het blijkt niet makkelijk te zijn om voor de dieren te zorgen, maar gaandeweg gaat het hem steeds beter af. De pinguïns zetten zijn luxe appartement volledig op stelten. Als een verzorger van de dierentuin achter het bijzondere bezit van Mr. Popper komt, wil hij de beesten hebben.
Tom en zijn familie laten ze echter niet zomaar gaan.