Het vervolg op het komische familieavontuur Space Chimps draait om Comet, een vrolijk en nieuwsgierig aapje dat dolgraag een echte astronaut wil worden.
Op zijn ruimtereis weet hij de planeet Malgor te bereiken, waar het buitenaardse wezen Kilowatt hem gaat helpen zijn doel te realiseren. Het is het begin van een spannend avontuur in de ruimte!
De gevreesde buitenaardse heerser Zartog neemt de controle over de ruimtereizen over en kan doen wat hij wil.
Comet moet laten zien dat hij slim en sterk genoeg is om Zartog te overwinnen.
Maar dat kan hij niet alleen. Comet schakelt de hulp in van zijn vrienden Ham, Luna en Titan om Zartog te verslaan en de controle over de ruimtereizen terug te pakken.