Nicolas Cage is een veertiende-eeuwse kruisvaarder. Als hij en zijn kameraad (Ron Perlman) terugkeren in hun thuisland, treffen zij een door Zwarte Pest verwoest land aan.
De kerk ziet zwarte magie als oorzaak van de pest en beveelt de kruisvaarders een schuldig bevonden heks (Claire Foy) naar een afgelegen klooster te brengen. Daar zullen monniken een ritueel uitvoeren dat een einde moet maken aan de plaag.
Tijdens de tocht ontstaat er onenigheid over het lot van het meisje. Als het gezelschap bij het klooster arriveert, zorgt een angstaanjagende ontdekking voor verdere verdeeldheid.