Als Sinterklaas en Diego op een ochtend in de haven van Spanje aankomen, blijkt de pakjesboot al weg te zijn. Daarmee begint een race tegen de klok om de boot op tijd in te halen.
Dat valt niet mee, want door toedoen van de boeven Joris en Boris zijn de pieten al een dag eerder naar Nederland vertrokken. Ook de kapitein van de pakjesboot denkt dat Sinterklaas gewoon aan boord is.
De problemen stapelen zich als cadeautjes op als uitkomt dat twee kinderen zich aan boord verstopt hebben en zo per ongeluk meevaren naar Nederland.
´Sinterklaas en de Verdwenen Pakjesboot´ is opnieuw een leuk en superspannend Sinterklaasavontuur.