Het is de vierde eeuw na Christus.
Egypte is op dat moment onderdeel van het Romeinse Rijk, als er in de straten van Alexandrië een gewelddadige religieuze opstand uitbreekt.
Langzaam verplaatst het gevecht zich naar de legendarische bibliotheek. Binnen de muren van dit gebouw vecht de wetenschapper Hypatia (Weisz) met haar leerlingen voor het behoud van de wijsheid van de oude beschaving.
Haar jonge slaaf Davus raakt verscheurd tussen zijn geheime liefde voor zijn meesteres en de vrijheid. Als hij de vrijheid wil bemachtigen, kiest hij partij voor de vijand... de Christenen.