De Storm gaat over Julia (Sylvia Hoeks), een 18-jarige Zeeuwse boerendochter, die zwanger raakt van haar vriendje Koos, een vissersjongen. Koos schrikt zo van dit nieuws dat hij met de Noorderzon vertrekt.
Julia staat er helemaal alleen voor in een vijandig dorp: de zwangerschap en de bevalling worden eerst veroordeeld en later wordt ze genegeerd door haar familie en dorpsgenoten.
In de nacht van 31 januari 1953 breken de dijken in Zeeland tijdens een verschrikkelijke februaristorm op meer dan honderd plaatsen en wordt de boerderij verzwolgen door een zondvloed.
Julia komt samen met haar zoon in het water terecht en wordt - tegen haar wil - gered door de jonge luchtmachtsergeant Aldo (Barry Atsma), haar baby in het water achterlatend.
Ze is ontroostbaar, hult zich in stilzwijgen en weigert met haar gehate redder te praten.
Voorzichtig probeert Aldo in contact te komen met de jonge vrouw, ontrafelt stukje bij beetje haar achtergrond en besluit tenslotte om haar te helpen haar zoon te vinden.