´Yossi & Jagger´ is het portret van de relatie van twee Israëlische officieren op een afgelegen legerbasis bij de Israëlisch-Libanese grens.
Ze zijn verliefd en proberen hun eigen plek te vinden in een onderdrukkend en rigide systeem, dat hen dwingt een doel te verdedigen waar ze niet per definitie in geloven.
Yossi - bevelhebber van de compagnie - is een introverte jongen die in de eerste plaats in het systeem wil passen. Jagger, commandant van het peloton, is een open en meer vrijgevochten jongen. Yossi is vast besloten hun liefde geheim te houden, terwijl Jagger vindt dat Yossi samen met hem het leger moet verlaten.