De drie Ninja´s storten zich in een nieuw avontuur, dat begint in een pizzeria waar Jo, een meisje van een indianenstam, lastiggevallen wordt.
Jack Harding, een onverbiddelijk harde baas, heeft Jo´s vader ontvoerd.
Zo probeert hij de leden van de indianenstam stil te krijgen, die tegen het storten van illegaal chemisch afval op hun land protesteren.
De Ninja´s gaan met Jo op zoek naar haar vader en ze proberen Harding te beletten, zijn smerige plannetjes uit te voeren!