Pepper, een voormalige Navy Seal die geplaagd wordt door het feit dat hij een man heeft achtergelaten, raapt al zijn krachten bij elkaar voor een laatste missie in de hoop zijn vermiste kameraad te vinden.
In het onherbergzame Afghanistan strompelen Pepper en zijn team een gevecht in met Genghis Khan, de beruchtste krijger aller tijden...
Afghan Knights toont oeroude Mongoolse krijgstactieken tegen de best getrainde Amerikaanse experts in paranormale strijd om te overleven.