Judgement Day ging geruisloos voorbij. De verwoestende kernoorlog bleef uit, de wereld werd niet overgenomen door machines.
Toch blijft John Connor, inmiddels een jonge man, op zijn hoede - en niet onterecht! De dreiging van Skynet bestaat nog steeds en ditmaal wordt er een vrouwelijke terminator, de Terminatrix, in de tijd teruggestuurd om hem te vermoorden.
Met de hulp van zijn oude vriend, de T-101, is het aan John om in een race tegen de klok te voorkomen dat Skynet alsnog een eind maakt aan de mensheid en diens beschaving.