´The Fountain´ is een odyssee van de duizend jaar durende strijd van één man om zijn geliefde te redden. Zijn epische reis begint in het Spanje van de 16e eeuw, waar conquistador Tomas Creo (Hugh Jackman) zijn zoektocht begint naar de Boom des Levens, de legendarische entiteit die eeuwig leven schenkt aan hen die haar sap drinken. Als modern wetenschapper Tommy Creo strijdt hij wanhopig om een geneesmiddel te vinden tegen kanker, de ziekte waar zijn geliefde vrouw Isabel (Rachel Weisz) aan lijdt. Door de verre ruimte reizend als een 26e eeuwse astronaut begint Tom de mysteries van het leven, die hem al meer dan duizend jaar hebben bezig gehouden, te begrijpen. De drie verhalen monden uit op één en dezelfde waarheid wanneer de 3 Thomassen van verschillende tijdperken – de strijder, de wetenschapper en de ontdekkingsreiziger - zich verzoenen met het bestaan, de liefde, de dood en de wedergeboorte.