Tegen de waarschuwingen van haar vrienden in gaat Crysta, de nieuwsgierige boomfee, op onderzoek uit naar de wereld achter FernGully.
Ze ontdekt Zak, een levensgroot mens, die bezig is om het regenwoud te vernietigen.
Wanneer Zak oog krijgt voor de schoonheid en magie van FernGully, zweert hij dat hij het woud zal beschermen.
Maar het is misschien al te laat. De afschuwelijke Hexxus heeft zijn plannen al klaar om het gehele FernGully te vernietigen.