Vier jaar na de totale ramp met het Jurassic Park op Isla Nublar, onthult John Hammond aan Ian Malcolm dat er nog een ander eiland was (Site B) waar dinosaurussen voortgeplant werden voordat ze naar Isla Nublar getransporteerd werden.
Echter, sinds de ramp met het Jurassic Park zijn deze dinosaurussen aan hun lot overgelaten en planten zij zich vrolijk voort.
Hammond stelt een team samen om Site B te bezoeken en in kaart te brengen voordat het door derden geëxploiteerd zal worden.
Als het team het eiland bereikt, ontdekken ze dat er reeds een andere groep mensen aanwezig is. Deze nieuwe groep is daar niet voor biologisch onderzoek maar is van plan om de prehistorische kolossen naar het vasteland over te brengen...