Een onbekend en dodelijk virus heeft 5 miljard mensen gedood in 1996.
In 2035 is nog maar 1% van de bevolking over en zijn zij gedwongen onder de grond te leven. De misdadiger James Cole (Bruce Willis) wordt gedwongen als ´vrijwilliger´ terug te gaan in de tijd naar het jaar 1996 om informatie over het virus en het ontstaan van de epidemie te verzamelen.
Hij moet op zoek naar het mysterieuze ´leger van de Twaalf Apen´. Helaas wordt Cole per ongeluk naar 1990 gestuurd, 6 jaar voordat er ook maar sprake was van het virus. Is hij te vroeg of juist op tijd...