De populaire spinazieverslindende zeebonk bevaart de diepste zeeën in een moedige poging zijn vader, die hem als kind verliet, te redden. Hij wordt vergezeld dor een bemanning bestaande uit de lompe Brutus, de lieftallige Olijfje, de onverschrokken Erwtje en de hamburgers etende Wimpy als verstekeling.
Totaal onbewust van de op de loer liggende gevaren, is Popeye vastbesloten zijn familie te herenigen. Terwijl het stel afreist naar de Mysterieuze Zee, het domein van Sea Hag, gebeuren er allerlei vreemde dingen. De onverschrokken zeevaarders worden belaagd door mis, zeemeerminnen en zeeslangen, maar gelukkig weet Popeye iedereen te redden.
De Sea Hag wendt dan ook al haar streken, trucs en vermommingen aan om Popeye naar de verdoemenis te helpen, maar onze gespierde matroos verzet zich hiertegen met hand en tand. Maar de allergrootste test komt pas als hij oog in oog staat met zijn Pappie, die hem weer afwijst.
Diepbedroefd omdat de oude zeeman niets voelt voor een hereniging, gaat het vervolgens bergafwaarts met Popeye.
In een laatste strijd met Sea Hag, waarin hij alles dreigt te verliezen, ontdekt Popeye de echte reden van zijn vaders vertrek. Hij realiseert zich dat Pappie zijn leven als matroos opgaf om Popeye te beschermen. Een blik spinazie opentrekken, schreeuwt Popeye: “Tot hier en niet verder!” om vervolgens zijn onverwoestbare tegenstander tussen de haaien te smijten.