Frankie Paige (Rosana Arquette, True Romance) gelooft helemaal niet in God. Maar dat verandert wanneer ze plots op een onverklaarbare manier de stigmata, de wonden van Jezus aan het kruis begint te vertonen.
Dit fenomeen trekt de aandacht van priester Kiernan (Gabriel Byrne, Usual Suspects, End of Days). Maar als zijn kardinaal (Jonathan Pryce, Ronin, Tomorrow Never Dies) ontdekt dat Frankie eigenlijk niet zoŽn vroom leven leidt, wil hij haar voorgoed het zwijgen opleggen.
Kiernan moet zijn superieuren en zijn geloof verloochenen om haar en de boodschap die ze in zich draagt te kunnen redden. De opzwepende muziek (o.a. van The Smashing Pumpkins, Natalie Imbruglia), de schokkende beelden en het gevoelige onderwerp maken van Stigmata een spannende horrorthriller in de stijl van The Exorcist.