Na meer dan dertig jaar dienst als een van de Top Gun-piloten voelt Pete "Maverick" Mitchell (Tom Cruise) zich nog altijd op zijn plek bij de Marine.
Hij zoekt als moedige testpiloot altijd zijn grenzen op en hij ontwijkt de promoties, waardoor hij niet meer zou kunnen vliegen.
Wanneer hij een nieuwe lichting van Top Gun-piloten moet trainen voor een zware speciale missie, ontmoet hij Luitenant Bradley "Rooster" Bradsaw (Miles Teller).
Hij is de zoon van Mavericks overleden vriend en Luitenant-Officier Air Nick "Goose" Bradshaw. Terwijl Maverick een onzekere toekomst tegemoet gaat en tegelijkertijd met zijn verleden af moet rekenen, wordt hij geconfronteerd met zijn diepste angsten.