De gebeurtenissen spelen zich af drie jaar na het einde van de reeks 24.
Voormalig US Army Ranger Eric Carter keert terug naar de V.S. na een missie om terrorist Sheikh Ibrahim bin-Khalid te elimineren.
Hij komt er al snel achter dat de leden van zijn team één voor één worden geëlimineerd omdat terroristen opzoek zijn naar een belangrijke USB-stick.
De stick bevat een lijst met terreurcellen in de V.S. en de codes om deze te activeren voor toekomstige aanvallen op Amerikaanse bodem.
Carter roept de hulp in van de CTU om zijn leven te redden en gaat zelf actief op jacht naar de terroristen om Amerika te behoedden voor zware aanslagen.