Chop Shop is het verhaal van de twaalfjarige Alejandro, een latino weeskind. Hij woont en werkt in een zaak van auto-onderdelen op een groot autokerkhof aan de rand van Queens, New York.
Alejandro doet er de boodschappen, probeert klanten ervan te overtuigen om naar de zaak van zijn baas te komen in plaats van naar die van de concurrent en leert hoe hij auto´s moet schilderen en herstellen.
Het mooiste moment in zijn leven is de komst van zijn zus, Isamar, die bij hem komt wonen in het kleine kamertje achteraan de zaak waar hij werkt.
Alejandro helpt haar aan een baan in een voedselbusje, waar ze eten klaarmaakt voor en verkoopt aan de arbeiders in de buurt.
Met een mengeling van kinderlijke argeloosheid en volwassen ambitie begint Alejandro obsessief geld te sparen om een zelf zo´n busje te kopen, omdat hij ervan droomt om een eigen zaak te beginnen met zijn zus.