Twee Jezuďeten, Sebastiăo Rodrigues en Francis Garupe, reizen in de zeventiende eeuw af naar Japan, dat onder het Tokugawa-shogunaat het katholicisme en alle andere buitenlandse contacten verbood.
Daar zijn ze getuige van de vervolging van Japanse christenen door hun eigen regering die Japan wil zuiveren van elke westerse invloed. Uiteindelijk scheiden de wegen van de priesters en reist Rodrigues naar het platteland, waar hij zich afvraagt waarom God zwijgt terwijl Zijn kinderen lijden.