Dankzij een revolutionaire technologie die de sleutel vormt tot het oprakelen van iemands genetische herinneringen weet Callum Lynch (Michael Fassbender) de avonturen van zijn voorvader Aguilar in het 15e eeuwse Spanje te beleven.
Callum ontdekt dat hij afstamt van een mysterieus geheim genootschap, de Sluipmoordenaars, en bouwt een enorme hoeveelheid eeuwenoude kennis en vaardigheden waarmee hij het in het heden opneemt tegen de machtige en onderdrukkende Orde van de Tempeliers.