In de nadagen van WO.II wordt tijdens een Nazi experiment een zeer ongewone held geboren: Hellboy.
Wetenschapper Dr. Broom redt Hellboy uit de handen van de Nazi´s en leert hem zijn gaven te gebruiken om het kwaad te bestrijden. In Dr. Brooms uiterst geheime organisatie wordt Hellboy ingezet om hardhandig af te rekenen met het gevaarlijkste gespuis van de Aarde.
Maar als de man die Hellboy ooit geschapen heeft, hem wil dwingen zijn krachten te gebruiken om de wereld te vernietigen ontstaat er een strijd die zelfs voor de keiharde Hellboy teveel lijkt te worden...