Wanneer Alice (Mia Wasikowska) in Wonderland wakker wordt, moet ze door een nieuwe mysterieuze wereld reizen om daar een magische scepter te vinden, om de kwaadaardige ´Lord of Time´ te stoppen.
Hij wil de tijd in Wonderland vooruit spoelen, zodat deze magische plaats verandert in een dorre en levenloze wereld.
Met de hulp van een aantal nieuwe vrienden moet Alice ook een kwaad complot zien te ontrafelen om de Queen of Hearts weer terug op de troon te krijgen.