De film volgt vader Roy (Michael Shannon), die op de vlucht slaat om zijn zoon Alton te beschermen.
Alton (Jaeden Lieberher) is een jongen met mysterieuze gaven die zelfs Roy niet begrijpt.
Wat begint als een vlucht voor religieuze extremisten en de lokale politie, escaleert al snel tot een landelijke klopjacht georganiseerd vanuit het hoogste niveau van de federale regering.
Roy zet alles op het spel en is vastberaden om Alton te helpen zijn uiteindelijke doel te bereiken, wat dat dan ook is en ongeacht de kosten.