De immer ruziënde kat en muis leggen het bij in dit kleurrijke animatieavontuur.
Tom en Jerry komen terecht in de wereld van de spionage en lopen toevallig beroemd kinderspion Jonny Quest tegen het lijf!
Samen met Jonny, zijn vriend Hadji en Jonny's hond Bandit gaan ze op pad om een kwade dokter tegen te houden die van plan is om een energiebesparend apparaat te stelen, een uitvinding van Jonny's vader.