´s Werelds hipste, grooviest en meest shagadelic geheim agent bindt de strijd aan met Dr. Evil. Als deze kaalhoofdige superschurk geen astronomisch geldbedrag krijgt, dan blaast hij de aarde op.
Om er zeker van te zijn dat Austin hem niet weer, traditiegetrouw, glansrijk verslaat, reist Dr. Evil terug in de tijd naar 1969. Daar steelt hij van de ingevroren Austin datgene wat onze held de onstuitbare super-swinger maakt die geboefte uitschakelt en prachtmeiden ´shagt´ bij de vleet.
Dr. Evil steelt Austins ´mojo´. Dat gaat zomaar niet! Ook Austin reist terug naar de swinging sixties ´I´m back baby!´, waar hij wordt bijgestaan door CIA-agente Felicity Shagwell (Heather Graham) ´By name and Shag-very-wel by reputation´. Weten deze twee swingers Dr. Evil tot staan te brengen´. Wordt de wereld behoed voor de ondergang? En het allerbelangrijkste: vindt Austin zijn ´mojo´ terug?