Na de rellen die "Emerald City" hadden uitgeschakeld, duurt het niet lang tot de gemoederen weer verhit raken als gevangenishervormer Tim McManus (Terry Kinney) de cellblok heropent.
De Italianen en de Afro-Amerikanen zijn verwikkeld in een drugsoorlog, de Neonazi's gaan door met het intimideren van mede gevangenen en Alvarez wordt tot extremen gedwongen als hij wordt vervangen door Latino leider (Luiz Guzmán).
Naast het fysieke geweld, speelt ook het psychodrama tussen de wrede Neonazi Schillinger en Beecher, de zwakke advocaat die veranderd in een bezeten drugsverslaafde door het roofzuchtige klimaat van de gevangenis en verleid door de koelbloedige moordenaar Chris Keller, een grote rol.