Bij terugkomst van hun reis naar Antartica ontdekken Mulder en Scully dat hun werk bij de X-Files is overgenomen door Jeffrey Spender en Diana Fowly.
Pas wanneer Cassandra beweert dat buitenaardse wezens van plan zijn om de aarde te koloniseren, worden Mulder en Scully teruggeplaatst.
Dan wordt er voor de kust van Afrika een buitenaards artefact gevonden. Een artefact dat cruciale informatie zou kunnen bevatten over de eerste levensvormen op aarde en dat een verwoestend effect heeft op Mulder.

Deze boxset bevat naast alle 20 afleveringen van seizoen 5 ook nog heel veel extra's.