Scarlett Marlowe, professor aan de universiteit van Londen is op zoek naar de Steen Der Wijzen, die metalen in goud kan veranderen en mogelijk ook de sleutel bevat tot het eeuwige leven.
De steen zou zeshonderd jaar geleden zijn gemaakt door Nicolas Flamel en er wordt al eeuwen door allerlei avonturiers naar gezocht.
Ook Scarlett probeert het raadsel te ontrafelen en uiterst gedreven en met gevaar voor eigen leven weet ze vitale informatie te bemachtigen.
In een museum in Parijs bemachtigt ze de laatste aanwijzingen die allemaal wijzen naar een plek 112 meter onder het graf van Flamel en de enige manier om daar te komen is via de catacomben, waar volgens de overleving meer dan zes miljoen lijken begraven liggen.
Met de hulp van het team van Papillon, een lokale expert die de catacomben goed kent, gaat Scarlett ondergronds en wat ze daar tegen komt is het meest bizarre en angstaanjagende wat ze ooit heeft meegemaakt...