Falling Skies verhaalt over de chaotische nasleep van een buitenaardse aanval die het grootste deel van de wereld volledig verwoest.
In de zes maanden na de eerste invasie zoeken de overlevenden elkaar op en beginnen ze samen aan de moeilijke taak om terug te vechten tegen de agressieve aliens.
Buiten Boston geeft geschiedenisprofessor Tom Mason (Noah Wyle) leiding aan een klein leger met de naam 2nd Massachusetts.
Ze strijden vol overgave voor de redding van hun families en wat er over is van de mensheid.