In dit vijfde seizoen van Merlin is er drie jaar verstreken sinds het einde van de voorgaande serie. Camelot beleeft hoogtijdagen. Arthur heeft Koningin Guinevere en de Ridders van de Ronde Tafel aan zijn zijde en voelt zich sterker dan ooit.
Maar terwijl het koninkrijk volop bloeit, zijn er alweer duistere krachten aan het werk die Camelot te gronde willen richten. Morgana en haar magie zijn machtiger dan ooit.
Zij is nog steeds vastbesloten Arthur van de troon te stoten en zelf te heersen over Camelot. In de loop van de serie zien we meerdere oude bekenden terug, zoals Mordred, prinses Mithian, koningin Annis en zelfs de overleden konging Uther.
Voelbaar is dat het kwaad zich bundelt en steeds sterker wordt. Na verloop van tijd is Merlin de enige die nog kan voorkomen dat Arthur wordt getroffen door een noodlot dat al sinds het begin der tijden op hem loert...