Dr. Lee Rosen (David Strathairn) is in diskrediet gebracht door de overheid na zijn onthulling van de Alpha’s in het eerste seizoen. Zijn team is op non-actief gesteld, maar hij brengt ze weer bij elkaar om Alpha-extremist Stanton Parish (John Pyper-Ferguson) te bestrijden. Met behulp van computergenie Skylar (gastoptreden van Summer Glau), en geheugenexpert Mitchell (gastoptreden van Sean Astin), doen Rosen en zijn team hun uiterste best om te ontdekken wat Parish voor afschuwelijks van plan is. Maar er is mogelijk een verrader in hun midden, en kunnen ze Parish nog wel tegenhouden voor het te laat is?