Na de desastreuze voedselstorm uit de eerste film, zijn Flint en zijn vrienden gedwongen om de stad te verlaten.
Flint aanvaardt de uitnodiging van zijn idool Chester V om de Live Corp Company te vervoegen, die de taak heeft om het eiland schoon te maken, en waar de beste uitvinders ter wereld technologieën ontwerpen voor de verbetering van de mensheid.
Wanneer Flint echter ontdekt dat zijn machine nog steeds werkt en nu voedselmutanten kweekt moeten hij en zijn vrienden opnieuw de wereld redden.