´Universal Soldier: Day Of Reckoning´ volgt overlevende ´Unisols´ Luc Deveraux en Andrew Scott, die moeten vechten tegen anarchie en een nieuwe orde, geregeerd door Unisols zonder overheidstoezicht.
Ze roeien de zwakkeren uit en testen voortdurend de sterkste krijgers in wrede gevechten op leven en dood.
Luc heeft zich opgewerkt als leider van de Unisol ´Church Of Eventualism´, een zelfhulporganisatie die hulp biedt aan eigenzinnige Unisols die de overheid in het geheim heeft ingezet als ´slapende´ agenten, die op ieder gewenst moment kunnen ingezet worden.
Zijn missie is om deze Unisols te bevrijden van geïmplanteerde herinneringen en leugens van de overheid.