Jason Bourne heeft de vuile was van de illegale clandestiene programma´s Treadstone en Blackbriar buiten gehangen.
Om zich in te dekken besluit de top van de samenzwering om de overgebleven agenten permanent uit te schakelen.
Onder hen bevindt zich Aaron Cross (Jeremy Renner), afkomstig van het Outcome programma, die samen met een hieraan verbonden wetenschapper (Rachel Weisz) op de vlucht slaat. br>
Naast oude bekenden als Albert Finney, Joan Allen, David Strathairn en Scott Glenn zijn behalve nieuwkomer Jeremy Renner ook Rachel Weisz, Edward Norton, Stacy Keach en Oscar Isaac voor het eerst te zien in de Bourne reeks.