In Men in Black 3, zijn Agents J (Will Smith) en K (Tommy Lee Jones) terug... in de tijd.

J heeft in zijn 15 jaar bij Men in Black veel gezien, maar niks, zelfs geen aliens, verbaast hem zoveel als zijn ironische, terughoudende partner.
Toch, als K´s leven en de toekomst van de planeet in gevaar zijn, reist Agent J terug in de tijd om dingen recht te zetten.
J ontdekt dat er geheimen aan het universum zijn die K hem nooit had verteld - geheimen die zichzelf onthullen wanneer hij samen werkt met de jonge Agent K om zijn partner, Men in Black en de toekomst van de mensen te redden.