Stel je voor: het ene moment zit je nog gewoon in de klas en het volgende moment ben je op een supergeheime spionnenmissie! Het overkomt de tweeling Rebecca en Cecil. Samen met hun stiefmoeder Marissa ( Jessica Alba) moeten ze de Timekeeper tegen zien te houden. Deze gemene schurk wil de tijd op aarde stil zetten. Het drietal duikt met de Spy Kids Carmen en Juni in een spannend avontuur. Kunnen de spionnen de boze plannen van de Timekeeper dwarsbomen...?