Er was eens, in het verre Japan, een bijzonder strijdlustige groep van Ninja krijgers genaamd Iga Ninja.
Op een dag stort een mysterieuze vuurbal neer, aliens zijn middenin het bos geland. In plaats van met natuurlijke vijanden, worden de ninja´s nu geconfronteerd met een horde vraatzuchtige aliens, die zich razendsnel weten voort te planten.
Traditionele zwaarden en werpsterren hebben geen enkel effect op deze buitenaardse indringers.
De door Yamata aangevoerde krijgshaftige Iga Ninja staan voor hun grootste uitdaging en maken zich op voor een bloederige strijd tegen de aliens in Alien vs. Ninja!

Regisseur Seiji Chiba presenteert een zeer vermakelijke mix van Sci-Fi-/Action en Fun-Splatter en biedt adembenemende scènes van de legendarische actionchoreograaf Yuji Shimomura (Versus) en Kensuke Sonomura (The Machine Girl).