In de nadagen van het Derde Rijk komen twee jonge broers recht tegenover elkaar te staan. Peter heeft de kant van zijn vader gekozen en is bij de Hitler-Jugend gegaan, maar Paul is lid geworden van de zogenaamde Edelweiss-Piraten, een anti-nazistische club.
De niet aflatende strijd tussen deze twee groepen speelt zich af in de ruïnes van het gebombardeerde Keulen, waar door de oorlog uit elkaar gerukte families voortdurend in angst leven voor de steeds meedogenlozer optredende Gestapo.
Edelweiss Pirates is een waar gebeurd verhaal over moed en menselijke waardigheid in moeilijke tijden.