Dit vervolg op het originele verhaal begint op een groot feest, waar Alice (Mia Wasikowska), nu een 19-jarig meisje, op het punt staat om uitgehuwelijkt te worden in het bijzijn van honderden saaie, hoge pieten.
Hier heeft Alice totaal geen zin in en ze besluit te ontsnappen, waarna ze tot haar schrik en verbazing al snel in contact komt met een pratend, wit konijn.
Het konijn geeft aan dat ze hem moet volgen en hij vertelt ook over hun eerdere ontmoeting. Het konijn is er namelijk van overtuigd dat Alice het meisje is dat eerder in het magische ´Wonderland´ is geweest en daar samen met hem en de vele andere wezens de spannendste en mooiste avonturen beleefde.
Alice weet daar echter helemaal niks meer van. Alle wezens in ´Wonderland´ wachten met smart op Alice, want die hebben haar hulp nodig. Maar kan Alice wel helpen? En hoe moet ze weer terugkeren naar huis?