Een Elite eenheid, SG-l genaamd, moet terug naar aarde vluchten nadat twee leden van hun team op onverklaarbare wijze zijn verdwenen voor hun ogen!
Maar ze belanden in een wereld waar de Stargate, een machine uit de oudheid die ze in staat stelt honderden planeten te bezoeken, nooit was ontdekt.
Tevens blijkt hun eigen geschiedenis compleet gewist, alsof ze nooit hebben bestaan! Aan hen nu de taak om een dubieuze overheid en leger ervan te overtuigen dat de zogenaamde tijdslijn is veranderd door een machtige vijand (BaŽal) die op deze manier de aarde wil veroveren.
De tijd begint te dringen...