Quebec, 1952.
Bisschop Bilodeau brengt een bezoek aan de plaatselijke gevangenis om de biecht af te nemen aan Simon, een vroegere klasgenoot, die veertig jaar geleden levenslang kreeg wegens moord.
Medegevangenen weten de bisschop op te sluiten in de kapel, waar ze hem dwingen naar een door hen opgevoerd toneelstuk te kijken. Hierin wordt nagespeeld wat er veertig jaar geleden gebeurde.
Samen met zijn vriend Vallier, op wie hij hevig verliefd was, speelde Simon toen in een schoolopvoering van een stuk over Sint Sebastiaan.
Bilodeau, die vergeefs Simon trachtte over te halen net als hij naar het seminarie te gaan, was de jaloerse toeschouwer van de beide verliefde toneelspelers...
´Lilies´ is gebaseerd op een toneelstuk van een van Canada´s meest begaafde toneelschrijvers, Michel Marc Bouchard. In zeer gestileerde vorm vertelt de film over een tragische liefdesgeschiedenis, over maatschappelijke hypocrisie, verlangen, verraad en berouw.