Donnie Darko is een normale tiener, uit een normaal gezin met een normaal leven. Dan stort er plotseling een vliegtuigmotor op zijn ouderlijk huis, midden in zijn slaapkamer, waardoor hij maar net aan de dood ontsnapt.
Vanaf dat moment zal Donnie´s leven er niet meer hetzelfde uit zien. Hij krijgt last van afschrikkende hallucinaties, krijgt wereldbedreigende boodschappen en begint zich voor vriend en vijand nogal vreemd te gedragen.
Ook de wereld om hem heen staat op zijn kop. Waarom staat ineens het huis van de christelijke zelfhulpgoeroe Gunningham in brand? Waarom wordt zijn favoriete lerares Engels ineens ontslagen? Waarom blijft de oude lerares ´Mrs. Death´ op en neer lopen tussen haar huis en brievenbus?