In een wereld vol vooroordelen worden kinderen geboren met bijzondere en gevaarlijke krachten als resultaat van unieke genetische mutaties.
Cyclops kan energiebundels met zijn ogen stralen, Storm is in staat het weer te manipuleren, Rogue absorbeert de levenskracht van ieder die ze aanraakt.
Maar onder de vleugels van Professor Xavier (Patrick Stewart) leren deze vreemde verstotelingen hun krachten ten goede te gebruiken.
Als de boosaardige mutant Magneto, die niet gelooft in vreedzame samenleving tussen mutanten en gewone mensen, een plan beraamt om de mensenwereld te vernietigen, worden de X-Men ingezet om die te beschermen.