Innocence speelt zich af in een gotisch meisjesinternaat verscholen in een groot bos dat door een enorme muur van de buitenwereld afgesloten is.
Een houten doodskist, met daarin de naakte zesjarige Iris wordt geopend door een groep kleine meisjes.
Bianca, de oudste van de meisjes, stelt Iris voor aan de rest en laat haar ook kennis maken met de vreemde maar aangename kostschool.
Gehoorzaamheid is er essentieel. Wie probeert te ontsnappen is gedoemd voor altijd te blijven.
Maar wat gebeurt er in het hoofdgebouw waar de oudere meisjes iedere avond klokslag 9 uur in het geheim samen komen? En wat is dat mysterieus ondergronds gerommel?