Infernal Affairs draait om dubbele infiltratie.
Yan (Tony Leung) is een undercoveragent bij de Hongkongse maffia. Na tien jaar hard werken zit hij diep in de machtigste bende van Hong Kong. Ming (Andy Lau) is een criminele infiltrant bij de politie, die daar op zijn achttiende werd geplaatst.
Met zijn exclusieve contacten klimt hij al snel op tot hoofd van het Criminal Intelligence Bureau. Beide mannen voelen zich steeds meer opgesloten en ingeklemd tussen goed en kwaad en zijn nog maar schaduwen van zichzelf.