Ooit waren CIA-agent Nathan Muir (Robert Redford) en zijn protégé Tom Bishop (Brad Pitt) onafscheidelijk. Ze reisden de wereld af van Vietnam tot Beiroet, en hun bestaan was altijd gevaarlijk en onzeker. Dat was lang geleden.
Wanneer Muir op het punt staat om de CIA te verlaten, ontdekt hij dat Bishop zich in de nesten heeft gewerkt. Zijn voormalige protégé is in Beijing op beschuldigding van spionage gevangen gezet, na een poging een vrouwelijke gevangene uit China te laten ontsnappen: de vrouw die jaren geleden hun vriendschap verbrak.
Net wanneer de tijd voor Bishop begint te dringen, besluit Muis om de gevaarlijkste en meest persoonlijke opdracht van zijn leven te accepteren.