In 1952 trokken twee jonge Argentijnen, Ernesto Guevarra en Alberto Granado, samen op reis door Latijns-Amerika om de echte wereld buiten Buenos Aires te verkennen.
Ernesto is een 23-jarige student die gespecialiseerd is in lepraonderzoek en op het punt staat zijn diploma te halen; Alberto is 29 en werkt als biochemicus in een kliniek.
Met hun uitgesproken zucht naar avontuur beginnen de vrienden hun hachelijke reis op een oude afgetakelde Norton 500 uit 1939.
Naarmate hun reis vordert, worden zij steeds meer geconfronteerd met de wisselende geografische maar ook sociale en culturele invloeden die een diepe indruk op hen nalaten.
Wanneer ze tenslotte in een lepragemeenschap in het Peruviaanse Amazonegebied belanden, wordt bij beide mannen een bewustwordingsproces op gang gebracht dat hun later politieke en sociale ambities zal bepalen. Geďnspireerd op de dagboeken van zowel Alberto Granado als de man die later bekend zou worden als El Che, is The Motorcycle Diaries op de eerste plaats een zoektocht naar het innerlijke en naar de origines van een revolutionaire geest.