The Mauritanian vertelt het waargebeurde verhaal van Mohamedou Ouid Slahi (Tahar Rahim), die door de Amerikaanse regering werd opgepakt voor de aanslagen op 9/11 en zonder enige vorm van rechtspraak gevangen werd gezet in Guantamo Bay.
Net wanneer hij alle hoop dreigt te verliezen, vindt hij bondgenoten in de idealistische advocaat Nancy Hollander (Jodi Foster) en haar assistent Teri Duncan (Shailene Woodley).
Ze worden tegengewerkt door militair aanklager Stuart Couch (Benedict Cumberbatch), maar hun controversiële pleidooi en het bewijsmateriaal, onthullen uiteindelijk een schokkende samenzwering die tot diep in het Amerikaanse rechtssysteem doordringt.