Olivier, een timmerman, werkt als leraar in een houtwerkplaats.
Op een dag staat Francis, een nieuwe leerling, op de stoep. Omdat zijn afdeling vol zit, weigert Olivier hem. Later neemt hij de jongen toch onder zijn hoede. De relatie tussen de twee is gespannen, maar waarom?
Olivier volgt de jongen op de voet en kan Francis niet loslaten. Ook de jongen hecht zich steeds meer aan zijn leraar. Uiteindelijk confronteert Olivier hem met de waarheid.
De gebroeders Dardenne leveren met Le Fils een intense vertelling af over de psychologie van dader en slachtoffer en leverden hiermee de beste Belgische film van 2001-2002 af.